Die Grundschule Wanna wurde 1965 als Mittelpunktschule Wanna ihrer Bestimmung übergeben. Sie umfasste damals eine Grundschule und eine Hauptschule. Insgesamt wurden ca. 300 Schülerinnen und Schüler unterrichtet,
Mit der Einführung der Orientierungsstufe im Jahr 1977/78 wurde der Hauptschulzweig dem Schulzentrum Otterndorf zugeordnet. Die Grundschule Wanna wurde seitdem als reine Grundschule und seit dem Schuljahr 2004/05 im Rahmen der niedersächsischen Schulreform als "Verlässliche Grundschule" weitergeführt.
Seit dem Schuljahr 2009/10 ist die PHRS Wanna zudem eine offene Ganztagsschule. Die Angebote am Nachmittag sind somit für die Schülerinnen und Schüler freiwillig.
Bis 2016 beherbergte die Grundschule Wanna eine Außenstelle der Schule am Wiesendamm, Förderschule mit dem Schwerpunkt Geistige Entwicklung.